«День таможенника Российской Федерации» — сравнительно молодой профессиональный праздник, который был установлен уже после распада Советского Союза 4 августа 1995 года указом первого президента Российской Федерации Бориса Николаевича Ельцина № 811 «Об установлении Дня таможенника Российской Федерации». Ранее в СССР существовал «день советского таможенника» который отмечался 29 мая (ныне в этот день отмечают «День ветеранов таможенной службы»).
Таможенные органы Российской Федерации находятся в стадии активного институционального развития, которое происходит с учетом вступления России во Всемирную торговую организацию (ВТО), изменения объемов пассажиро- и товаропотоков, повышения интенсивности внешнеэкономической деятельности регионов страны, роста потребностей транспортных организаций, экспортеров и импортеров.
Значительную роль ФТС России играет в развитии экономической интеграции России, Белоруссии и Казахстана. 1 июля 2011 года окончательно снят таможенный контроль на внутренних границах стран Таможенного союза.